EBC 大会 | 聚焦热点，共话感染检测 LDT 开发！

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2023EBC 第八届易贸生物产业大会暨易贸生物产业展览于 2023 年 3 月 17-19 日在苏州国际博览中心成功举办。规模再创新高，注册人数达 22752 人，400 多家参展商共同呈现 40000 平生物产业专业展览。1331银河在线游戏首页秉承 “创新检验未来” 的理念，在本次大会被授予 2022 创新突破企业 TOP100 荣誉，同时策划了感染检测 LDT 开发论坛，会场座无虚席，人气满满。

感染检测 LDT 开发论坛：从多角度出发 共享病原检测现状与展望

本次论坛由1331银河在线游戏首页创始人&CEO 王珺博士主持并分享《LDT 相关政策及病原检测开发进展》，同时邀请到浙江省人民医院俞云松教授分享《感染性疾病诊治进展与需求》、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所周海健研究员分享《传染病监测预警对临床病原微生物检测技术发展的需求》、齐碳科技联合创始人&首席科学家白净卫先生分享《基于纳米孔平台的产品开发》。

   
俞云松教授从临床角度出发，首先陈述了感染性疾病仍然是全球关注的重大健康问题，而病原学诊断是感染性疾病诊治中最重要环节，其次结合临床案例对于当下病原诊断手段进行优劣势分析，最后给予了病原诊断技术发展的目标与方向，期待集有效的病原体富集、更高的检测通量、更短的检测时长、更低的检测成本、更自动化的检测流程等多重优势于一身的病原诊断手段可以助力临床。

周海健研究员表示传染病危害群众生命健康、影响全球公共卫生安全、拖累经济发展速度、甚至影响国家和地区安全。我国当前细菌性传染病防控仍然面临诸多挑战，当前细菌性传染病病原学监测预警在多方面进行应用，但难培养病原体或疑似感染的病原检测在医疗和疾控机构均存在技术短板。宏基因组测序是提升突发公共卫生疫情发现能力的关键技术，希望未来可以在医疗和疾控系统实验室加强传染病病原检测能力建设，主要包括扩展罕见、被忽略传染病的检测病原种类；建立新病原的发现鉴定技术；发展准确、快速、高通量、智能化的病原检测和特征分析技术；继续加强传染病实验室监测网络建设。

1331银河在线游戏首页王珺博士从个人角度对 LDT 相关政策的理解进行了分享，同时跟大家介绍了1331银河在线游戏首页部分最新病原诊段方案：ResFirst™，聚焦呼吸道感染，基于微流控分子检测技术，覆盖 200+种病原体和耐药基因，可在 4 小时内实现病原体的快速检测，精准助力病原检测，提升患者预后；onco 可以通过对人基因组数据染色体拷贝数变异（CNV）分析，提示肿瘤信号。而创新升级后的 Q-mNGS™3.0 利用正向广谱富集技术，可以实现超敏检测、精准定量；在最后，王珺博士分享了1331银河在线游戏首页的愿景：让每位感染患者第一时间得到精准诊疗。

齐碳科技白净卫博士从纳米孔基因测序原理、纳米孔测序仪核心技术研发讲起，跟大家分享了国内首台自主研发的商业化纳米孔基因测序仪从 0 到 1 的过程，以及纳米孔测序仪实时、便捷、长读长等优势，而升级到其最新的纳米孔生化体系，硅芯片及测序算法套件 Hound v1.2 以后，测序的单次准确率达到 97%，Consensus 准确率（70x）达到 Q50，Homopolymer 分辨能力也大幅提升。纳米孔长读长测序技术对物种鉴定特异性、耐药菌的有效识别具有明显优势。基于齐碳纳米孔测序平台的病原检测方案可以实现快速检测、提高病原检测灵敏度、精准识别耐药菌。便携式测序仪应用于床旁感染诊断未来可及。

聚焦时势 ，共话热点——LDT 背景下的感染检测开发

本次圆桌讨论围绕四个话题展开：

LDT 的价值？CDC/医院可以与技术企业如何合作，共同推动临床适宜新技术被合理且充分使用？三代测序对未来病原诊断会有怎样的价值？

俞云松教授表示：任何的项目都基于需求。随着病原的不断被发现，可以研发相应的抗原抗体，可以推动诊治的优化。精准诊疗可以有效提高患者生存率也可以大大节省治疗费用，LDT 模式可以助力最新的检测技术直接送到临床、服务于临床。
周海健研究员表示：疾控中心可以使用多种诊断手段进行检测和监测，新技术确实很好地助力疑难感染的诊断和传染病监测。LDT 的落地可以促进各医疗机构提升传染病病原发现能力，提升疾控中心可获取的传染病监测数据的质量。同时，疾控中心可以借助 LDT 模式，使用最新的技术，与医院建立合作，助力传染病的早发现早预警，进而促进有效预防措施的制定和实施、针对性疫苗及药物的研发、大众健康宣传教育等。
白净卫博士表示：LDT 政策可以协助新兴技术手段更好地服务于临床，在应用过程中促进新技术不断的优化和发展。三代测序仪器更小、速度更快，未来还有很多可能。
王珺博士表示：LDT 可以促进整个行业更好的发展，可以促进病原诊断方案有一个更好的出口。感染性疾病病原监测手段需结合临床与疾控需求，在 LDT 背景更好的探索与发展。

1331银河在线游戏首页秉承创新驱动发展的经营理念，致力于将数据驱动与产品创新相结合，开拓先进的分子诊断技术在感染性疾病等人类健康领域的应用，让疾病诊断更准、更快、更智慧，希望可以在 LDT 背景下，为临床患者提供感染性疾病分子诊断的整体解决方案。

提高病原学送检率，Q-mNGS 助力感染精准诊断！

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2 月 28 日，国家卫健委医政司发布 2023 年 《国家卫生健康委办公厅关于印发 2023 年国家医疗质量安全改进目标的通知》，明确提出：

（1）感染科：提高呼吸道病原体核酸检测覆盖率和呼吸道感染性疾病核酸检测百分比。

（2）检验科：提高室间质评项目参加率

（3）医院感染控制专业：提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率（PIT-2023-37）

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（1）感染科改进目标：提高呼吸道病原体核酸检测覆盖率和呼吸道感染性疾病核酸检测百分比

目标简述：呼吸道传染病是全球重大公共卫生问题，早期从发热和（或）呼吸道症状患者中正确识别并明确病原学诊断是呼吸道传染病防控的关键环节。医疗机构应当开展呼吸道病原体检测技术，医务人员应当熟练掌握呼吸道传染病的临床特点、标本采集和病原学检测技术。

（2）检验科改进目标：提高室间质评项目参加率

目标简述：室间质量评价是临床实验室保证和改进检验质量的重要手段，是公立医院绩效考核中的重要指标。国家卫生健康委临床检验中心及各省级临床检验中心组织的室间质量评价活动对保证检验结果的可比性和同质性，推进临床检验结果互认，提高我国临床检验质量有重要意义。

（3）医院感染控制专业改进目标：提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率（PIT-2023-37）

目标简述：当前，全球普遍关注抗菌药物临床使用问题。提高抗菌药物治疗前病原学送检率，尤其是发生医院感染者和应用限制使用级以上抗菌药物的患者，提高抗菌药物治疗前规范送检意识和规范无菌性样本送检，可以有效提高抗菌药物使用的科学性和规范性，对遏制细菌耐药、提升治疗效果和保障人民群众健康权益具有重要意义。

提高抗菌药物治疗前病原学送检率势在必行

当前，全球普遍关注微生物耐药问题，提高无菌性样本送检比例，可以有效提高抗菌药物使用的科学性和规范性，对遏制细菌耐药、提升治疗效果和保障人民群众健康权益具有重要意义。我国近高度重视抗菌药物管理，国家卫健委采取了多项管理措施，包括抗菌药物合理使用监测、抗菌药物体系建设等。

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2018 年，国家卫健委发布 《关于持续做好抗菌药物临床应用管理有关工作的通知》特别指出，为了让限制性和特殊使用级别的抗生素在使用时做到先送检、再使用，要加强临床微生物实验室建设，加强临床微生物检验人才培养，联合使用传统微生物学、分子生物学和免疫学检验方法，提高临床微生物检验能力。

2021 年，国家卫生健康委发布 《2021 年国家医疗质量安全改进目标》，提出十项国家医疗质量安全改进目标以及相应的具体阐释和实现目标的核心策略，将 “提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率” 被明确列为目标之一。

2022 年，“提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率” 再次被列为 《2022 年国家医疗质量安全改进目标》之一

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值得关注的是，在 2021 年 10 月国家卫生健康委发布的《关于提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率》的专项行动指导意见中，病原宏基因组测序（mNGS）被列入《常见病原学检验项目目录》。

Q-mNGS™助力感染病原精准检测

1331银河在线游戏首页 Q-mNGS™定量宏基因组检测，基于 30 万例临床标本大数据，率先实现了病原体核酸的相对定量检测，检测范围覆盖细菌、真菌、病毒、寄生虫等近 25000 种病原体，兼顾厚壁微生物与 RNA 稳定性，显著提升病原体检测灵敏度，在 13 小时内提供快速精准的诊断依据，帮助临床医生合理规范使用抗细菌药物。

以优异成绩通过了国家卫生健康委临检中心发起的全国下呼吸道感染宏基因组高通量测序室间质评，上海市临检中心 “2022 年血浆微生物游离 DNA 宏基因组高通量测序室间质评” 等多项室间质评活动。

1331银河在线游戏首页将持续创新感染病原精准检测解决方案，推进感染精准诊疗，努力遏制细菌耐药，为广大人民的健康保驾护航！

【科研合作】中国人群立克次氏体分子流行病学研究

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病原宏基因组技术（mNGS）的快速发展和广泛应用，为少见/罕见病原体的快速精准鉴定提供了重要的技术支撑。同时，在传染病预防控制领域，针对具有潜在公共卫生防控风险的少见/罕见病原体，结合 mNGS 和经典病原体分子分型方法也能够开辟快速鉴别和精准分子流行病学研究的新型技术路径。

近日，中国疾病预防控制中心传染病预防控制研究所/传染病预防控制国家重点实验室联合1331银河在线游戏首页创新应用研究院，在国际知名学术期刊 Frontiers in Cellular and Infection Microbiology（IF：6.073）发表题为 “Human Rickettsia felis infections in Mainland China” 的研究论文。针对基于定量 mNGS（Q-mNGS）技术在不明原因发热 (FUO) 患者中筛查发现的立克次体阳性样本，该研究进一步通过立克次体属特异基因扩增子测序发现了 4 例由猫立克次体（Rickettsia felis）感染引起的跳蚤传播斑点热（Flea-borne spotted fever）病例，并结合相关患者信息开展分子流行病学分析，发现 FUO 患者呈现高发的猫立克次体感染（2.14%，4/187），提示该类病原体存在较高的公共卫生防控风险，应受到疾控系统和临床端的高度重视。中国疾病预防控制中心传染病预防控制所/传染病预防控制国家重点实验室秦天研究员为通讯作者，1331银河在线游戏首页创新应用研究院任若通博士、杜振山作为贡献作者参与了该项工作。

  • 研究背景：

猫⽴克次体（Rickettsia felis）是⼀种新出现的跳蚤传播斑疹热病原体，可以感染多种宿主。与具有⼀种或两种特定媒介物种的其他⽴克次体相⽐，猫⽴克次体可以由跳蚤、蜱、螨、虱⼦和蚊⼦等多种媒介所携带。猫蚤（Ctenocephalides felis）被认为是猫⽴克次体的主要媒介和宿主。已有研究表明，猫⽴克次体在猫蚤中的流行率约为 95%。然⽽，其他媒介在疾病传播中的潜在作⽤不容忽视。

自 1994 年美国⾸次报道猫⽴克次体导致⼈类感染病例之后，迄今全世界已报告数百例猫⽴克次体导致的跳蚤传播斑疹热病例，这些病例遍布除南极洲以外的所有⼤陆。在中国，2014 年江苏省基于 PCR 方法报告了中国⾸个猫⽴克次体感染病例。随着⾼通量测序技术的发展和应⽤，近年来从不明原因发热 (FUO) 患者诊断出了更多的⽴克次体病例，且多为散发病例（⼭西、浙江和福建）。然⽽，基于⾎清学的分子流行病学研究发现，健康⼈群中存在较高的猫⽴克次体感染率（16%）。此外，最近对⾮洲不明原因发热 (FUO) 患者的研究发现，⾼达 15% 的患者⾎液中可检测到猫⽴克次体。上述研究结果均提示，我们应该对可能爆发的跳蚤斑疹热疫情保持充分警惕。

  • 研究结果：

该研究隶属于由 ICDC 领导的蜱传疾病监测项⽬，于 2021 年 4 ⽉至 2022 年 6 ⽉，从湖北、⼭西、福建、浙江、安徽、湖南六省基层医院采集 187 例 FUO 患者的⾎浆或⽀⽓管肺泡灌洗液（BALF），并利用荧光定量 PCR、定量宏基因组（Q-mNGS）和扩增子测序进行人畜共患病病原体筛查，包括立克次体、无浆体、埃立克体和柯克氏菌等，共计发现 18 例立克次体阳性样本，且未检测到其他蜱传病原。进一步，针对上述 18 份立克次体阳性样本进行的立克次体属特异基因（17kD、ompA、ompB 和 sca4 基因）扩增子测序结果发现其中包含 14 名日本立克次体感染患者（血浆样本）和 4 名猫立克次体感染患者（两份血浆和两份 BALF）。

4 名猫立克次体感染患者 [病例 1（59 岁，女性）、病例 2（58 岁，男性）、3（54 岁，女性）和 4（81 岁，男性）] 均有不明原因发热的初始症状。病例 2、3 和 4 出现遍布四肢和躯干的黄斑皮疹。病例 3 和 4 存在可能由节肢动物咬伤所致的皮肤损伤。病例 2 和 3 出现白细胞减少，而病例 2、4 出现中性粒细胞减少。所有患者的 CRP 水平均显著升高。病例 3 和 4 出现肝功能障碍，包括血浆白蛋白水平异常低，丙氨酸转氨酶和天冬氨酸转氨酶水平异常升高。影像学结果显示所有四名患者均存在肺部病变。

  • 研究结论：

首先，该研究基于定量宏基因组（Q-mNGS）、分子诊断和扩增子测序方法在中国境内发现了 4 例猫⽴克次体感染病例。4 名猫⽴克次体感染患者均于春季（4 月至 6 月）发病。猫⽴克次体感染病例分布于世界各地，但之前在中国，由猫⽴克次体引起的跳蚤传播斑点热的报告很少，迄今仅有 10 例报告（包括本研究中的 4 例）。猫⽴克次体感染病例在多个地区呈散发，没有明显的区域分布，这可能与猫⽴克次体具有多种媒介以及不同媒介的广泛分布有关。此外，除了 4 名被诊断为跳蚤传播斑点热的患者外，该研究还发现 14 名日本立克次氏体感染患者，提示日本斑点热在中国也是一种重要的立克次体病。

其次，猫⽴克次体感染的临床症状和体征与其他立克次体病（蜱传斑点热、鼠伤寒和恙虫病）相似，包括发热、皮疹、皮肤焦痂、神经症状、消化症状、咳嗽和肺炎。然而，如果未经治疗或采取不当措施，严重的情况，如肝脏肿大、心肌炎、脑膜脑炎、脑水肿以及急性和呼吸窘迫综合征，可能会导致预后不良甚至死亡。该研究中，所有患者的临床症状都始于不明原因发热，但除了皮疹（3 名患者）和肺炎或肺部病变（4 名患者）外，其他症状都是非特异性的，提示在不明原因肺炎细菌感染患者的临床诊断时应考虑可能的立克次体感染。

最后，立克次体的传播途径复杂，已知猫蚤、蜱、螨和蚊子等都可携带和传播猫立克次体等病原体，但是目前节肢动物向人类传播立克次体感染性疾病的机制仍不清楚。大多数患者存在动物接触接触史，尤其是狗和猫，但目前尚未记录到跳蚤的直接接触史。该研究中四名猫立克次体感染患者均报告了未知蚊虫叮咬，其中两名患者观察到了皮肤损伤，表明其具有很高的节肢动物接触风险。此外，疟疾与猫⽴克次体感染之间的相关性研究揭示了疟蚊在传播猫立克次体中的潜在作用，说明蚊子也可能传播猫⽴克次体。来自中国的前期研究表明，0.6–6.0% 的蚊子携带猫立克次体。目前，全世界近一半的人口面临蚊子传播疾病的风险，而随着气候变化，对蚊子传播疾病的控制将变得越来越困难。因此，在后续进一步的研究中，我们可能应该更加关注蚊子对猫⽴克次体传播和致病的影响。

综上所述，作为一种长期被忽视的传染病，猫立克次体病感染病例近年来的报道有所增加，提示公共卫生工作者和临床医生应尽可能关注类似的由罕见/少见病原体所致的传染病，特别是对有动物接触史的 FUO 患者。同时，结合 Q-mNGS 等未知病原快速筛查技术和经典分子分型等精准鉴别方法，疾病预防和控制系统有必要对当地猫⽴克次体宿主和媒介进行长期监测和调查，并评估蚤传斑点热的潜在暴发风险。

1331银河在线游戏首页高分通过上海临检中心 “2022 年血浆微生物游离 DNA 宏基因组高通量测序（调查项目）室间质评”

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最近，上海临床检验质量控制中心公布了 “2022 年血浆微生物游离 DNA 宏基因组高通量测序 (调查项目) 室间质评结果报告”，本次室间质评活动测试项目为血浆微生物游离 DNA 宏基因组高通量测序，共计 32 家单位参与，杭州杰毅医学检验实验室以优异成绩顺利通过本次室间质评！

室间质评结果报告

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宏基因组高通量测序（mNGS）在临床感染病原诊断领域发挥越来越重要的价值，其中在脓毒症，血流感染等方面，利用血浆微生物游离 DNA 宏基因组高通量测序的检测方法，不仅具有更短的检测周期和更广的病原菌谱，对于厌氧、苛养菌的检测也更加友好，还因具有分子诊断技术的高灵敏度和高特异，为临床感染诊疗提供快速、精准、可靠的病原学依据。为了促进 mNGS 检测更加规范化和标准化，使其在临床得到更好应用，本次室间质评活动评价原则包括假阳性结果、假阴性结果以及稳健性结果。杭州杰毅医学检验实验室以高分成绩通过了本次室间质评，再一次标志着1331银河在线游戏首页 Q-mNGS™2.0 定量宏基因组检测技术的检测性能和实验室检测能力再次得到官方认可！
1331银河在线游戏首页自主研发的 Q-mNGS™2.0 定量宏基因组检测，覆盖近 25000 种病原体，真实还原标本中病原体载量，实现病原定量检测；基于肿瘤细胞染色体不稳定性原理增加了肿瘤提示功能，为临床感染诊疗带来双重获益。在临床实践积累中，公司不断优化 mNGS 全流程自动化、标准化水平，以优异成绩通过了全国下呼吸道感染宏基因组高通量测序室间质评等国家卫生健康委临检中心发起的多项室间质评活动。1331银河在线游戏首页将在产品解决方案优化升级，实验室质量管理和检测能力提升等方面持续精进，朝着 “让每位感染患者第一时间得到精准诊疗” 的愿景砥砺前行！

捷报！1331银河在线游戏首页获批 “浙江省级高新技术企业研究开发中心”

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1 月 4 日，浙江省科技厅发文公示 2022 年浙江省高新技术企业研发中心认定名单。经浙江省科学技术厅评审、公示，1331银河在线游戏首页申报的 “浙江省杰毅感染疾病分子诊断高新技术企业研究开发中心” 被认定为省高新技术企业研究开发中心。

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浙江省高新技术企业研发中心是浙江科技创新体系的重要组成部分，是提升全省加快科技创新、推动高质量发展的总体部署。企业研发中心是设在企业内部相对独立的省级研发机构，是促进企业技术进步和成果转化，推动高新技术产业发展的重要创新力量。

1331银河在线游戏首页自成立以来，重视一流人才队伍建设和培养，坚持产学研融合，打造基于大数据的前沿分子诊断技术和创新产品，并全力推进其在感染性疾病诊疗领域的广泛普及和应用，推动精准诊疗的进展。感染精准诊疗领域的深耕与持续性创新，公司拥有近 100 项核心技术专利、商标等自主知识产权，开发基于高通量测序（NGS）和基因编辑（CRISPR/Cas）两大技术平台的多项前沿分子诊断产品。在新冠疫情中支援武汉新冠肺炎重症患者诊疗，承担国家科技部重点研发计划-新冠疫情应急专项，与北京协和医院、复旦大学附属华山医院、中国疾病预防控制中心等医疗、科研单位建立了战略合作关系，为临床抗精准感染治疗，传染性疾病防控提供精准科学的解决方案，展现出坚实的技术实力。

“让每位感染患者第一时间得到精准诊疗” 是全体杰毅人共同的愿景和前行的动力。未来，我们将继续加大研发投入，加快推进创新科技成果转化及应用，以科技力量造福社会！

喜报！1331银河在线游戏首页成功获批设立浙江省博士后工作站

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2022 年 5 月 9 日，浙江省博士后工作办公室根据《关于做好我省企业博士后工作站先设站后授牌工作的通知》（浙人社函〔2014〕99 号）和《浙江省博士后工作试点工作管理实施办法》（浙博办〔2008〕1 号）精神，正式批准1331银河在线游戏首页设立浙江省博士后工作站。

人才资源赋能高质量发展

“致天下之治者在人才”，随着我国经济由高速增长阶段转向高质量发展阶段，由要素推动转向创新推动，人才资源将是实现浙江跨越式发展最宝贵的战略资源。近年来，浙江省非常重视企业博士后工作站建设，支持新一代信息技术、人工智能、新材料、生物医药等战略性新兴产业中的高科技型和高成长性企业。1331银河在线游戏首页作为专注基因检测，以分子技术为平台的高新技术企业，致力于为客户提供感染性疾病分子诊断的整体解决方案。同时，1331银河在线游戏首页秉承 “创新检验未来” 的理念，围绕基因编辑（CRISPR/Cas）和高通量测序（NGS）两大前沿技术管线，自主研发了一系列自动化检测仪器和检测试剂，正在成长为研发、生产、销售于一体的新型分子诊断产品新锐企业，并期待未来能够引领分子诊断进入新世代。

人才价值与企业效益共赢共进

1331银河在线游戏首页自成立以来，高度重视青年人才培养，坚持科技兴国，研发兴企，在新技术研发和产品管线开拓等方面持续深耕投入，同时也与北京协和医院、北京大学人民医院、北京大学第三医院、首都医科大学附属北京朝阳医院、首都医科大学附属北京友谊医院、复旦大学附属华山医院、中国疾病预防控制中心等医疗和科研单位建立了战略合作关系，正在全力打造基于大数据的人工智能诊断系统和服务，推动高端医学检验的发展。随着此次博士后工作站的成功获批，1331银河在线游戏首页 CEO 王珺、COO 苏广宇和创新应用研究院院长任若通也将作为博士后工作站导师，会同多位临床医学、检验医学和分子流行病学等领域的国内顶级专家共同指导和培养博士后人才，标志着1331银河在线游戏首页在人才队伍和研发能力建设上的又一次重要突破。1331银河在线游戏首页将以本次设立博士后工作站为契机，聚焦技术成果转化、创新人才培育及产业化项目开发，努力吸引更多国内外优秀博士来从事高水平的科研和临床转化工作，积极推动人才梯队的建设，以人才优势助力企业科学发展，最终实现人才价值与企业效益的共赢共进。

持续高热+液平：真是肺脓肿吗？——福建省第二人民医院发表 Q-mNGS 病例！

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近日，福建省第二人民医院联合1331银河在线游戏首页共同发表了一篇临床案例，此案例应用 Q-mNGS Onco 排除感染，同时利用宿主基因组拷贝数变异提示肿瘤， 研究成果发表在《BMC pulmonary medicine》(IF = 3.317)。 福建省第二人民医院呼吸与危重症医学科魏萍为第一作者， 王春娥主任和1331银河在线游戏首页刘超博士为通讯作者， 1331银河在线游戏首页王肖嘉和李彩云共同参与此研究。

背景介绍：

肺脓肿和肺癌的影像学征象有许多相似之处，因此诊断时难以准确区分。肺脓肿是一种感染性疾病，其特征是存在脓腔，而高达 22% 的原发性肺癌会显示出相似的空洞。在胸部 CT 中观察到空洞性病变时，临床医生通常会先考虑肺脓肿的可能性，因为它更常见。关于肺部疾病的初步诊断通常是经验性的，取决于传统的微生物检测、CT 扫描以及炎症和肿瘤的血清学生物标志物。然而，由于炎症和肿瘤都能使肿瘤标志物等临床指标升高，并且考虑到炎症伴随肿瘤同时存在的情况，这些测试可能会模糊甚至导致错误的诊断。当多种疾病共同出现某些症状时，初步诊断可能不准确，从而延误有效治疗。因此，在经验性治疗失败的情况下，像 mNGS 这样全面、无偏见的检测可对诊断提供非常有效的帮助。

病例描述：

患者林某，女性，62 岁。主诉 “咳嗽、咳痰、咯血 1 月余，发热 3 周”。患者 1 月前无明显诱因出现咳嗽、咳痰，痰少色黄无恶臭，夹血丝，无呼吸困难等，就诊当地市医院，胸部 CT“右下肺脓肿”，血常规：WBC 19.83x109/L，GR 85%,CRP 108.3mg/L，PCT 0.056ng/ml，予哌拉西林、左氧氟沙星抗感染，3 周前出现发热，最高体温 40°C，热峰未退。后转诊福州两家三甲医院呼吸科、肿瘤科门诊，均考虑 “肺脓肿”，先后予莫西沙星、头孢噻肟抗感染，热峰未退。患者既往有 “高血压病”6 月，血压控制良好。无过敏史。无吸烟史。

患者感染指标普遍升高，肿瘤标志物（SCC,CYFRA21_1,CEA）指标较高，全腹 CT 显示肝内胆管小结石，肝囊肿，余未见明显异常。胸部 CT 现实右肺下叶高密度肿块，病灶内多发空洞，可见气液平面，空洞周围边界模糊，可见不规则磨玻璃样阴影。右肺下叶包裹积液、积气，考虑脓肿。培养见念珠菌属+（痰）和曲霉菌 1cfu（肺泡灌洗液）。初步诊断为肺脓肿。

影像学检测结果：

胸部 CT，彩超，气管镜。右肺下叶混合回声团块-考虑病灶内部含气体液化坏死区。主气管通畅，未见分泌物，左、右主支气管及各叶段支气管腔内未见新生物、异物、出血，右下叶背段支气管腔内可见少量白粘痰。

Q-mNGS 检测-基因组拷贝数分析结果：

从上到下依次为患者标本，阴性对照和阳性对照标本。

基因组拷贝数分析显示患者存在明显的拷贝数变异。

组织活检结果：

患者右肺下叶穿刺活检标本染色。同一行左右两图为相同部位不同放大倍数的染色图像。结合免疫组化，考虑为肺鳞癌。

治疗经过及预后:

Table 1. 临床诊断与治疗时间表

WBC: 白细胞; GR: 粒细胞; CRP: C 反应蛋白; PCT: 血小板计数; CEA， SCC，CYFRA21_1: 肿瘤指标

术后第二天（7 月 31 日）患者不再发热，抗生素降级为头孢哌酮钠舒巴坦，8 月 13 日出院。9 月 8 日回医院复查，肿瘤指标正常。

案例总结：

  • mNGS 有助于临床医师快速诊断病原体未知的感染性疾病，尤其是在经验性抗感染失败时，建议早期行 mNGS 检测以指导下一步靶向抗感染治疗。
  • 该例患者以 “持续高热”为主诉，影像表现为较典型 “肺脓肿” 征象，经验性抗感染治疗失败，经 Q-mNGS 检测提示肿瘤，为肺穿刺活检与肿瘤确诊提供依据和指导方向。Q-mNGS 检测在病原体诊断的基础上增加了肿瘤提示，对于疑似感染、经验性抗感染失败的患者，尤其是常规微生物学检测阴性且 mNGS 未检出病原体时，肿瘤提示对鉴别诊断与针对性治疗有很强的临床指导意义。

二代测序能实时分析了？ 9 小时刷新 NextSeq 平台 mNGS 新速度！

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导读

实验周期长、操作较复杂一直是宏基因组二代测序（mNGS）在临床应用的主要限制因素。2022 年 3 月 15 日，检验医学权威期刊《Clinical Chemistry》（2021 年影响因子 8.327）发表了北京协和医院和1331银河在线游戏首页联合发表的重要研究论文。研究团队通过改良测序接头和开发了一套快速实时生信分析系统，并借助于1331银河在线游戏首页自主研发的自动建库仪器，实现了在 NextSeq 测序平台上全流程最快 9.1 小时的多样本 mNGS 检测，进一步发挥 mNGS 在鉴定疑难、危重、特殊感染方面的优势，为危急重症患者的快速精准诊疗赢得宝贵的时间。

研究背景

宏基因组二代测序 (mNGS ) 具有无偏倚地检测样本中病原体的巨大潜力，也是鉴定新发突发病原微生物的重要手段，但其报告时限（TAT）较长（≥15h）。尽管 Oxford Nanopore Technologies（ONT）测序平台提供了 TAT≤6 小时的测序和检测分析方案，但相较于 Illumina 二代测序方法，依然存在测序深度和 Reads 产出较低，成本较高和测序错误率较高等不足。在面对各种疑似感染病症时，临床医生始终有快速、准确鉴定病原体的迫切需求，因此，提升 mNGS 检测时效性成为了临床病原微生物检验关注的重点。

研究结果

改进测序接头结构，实现 “快速、实时”mNGS 分析

图 1 通过对测序接头的改进，实现不影响测序质量前提下的快速、实时分析

受到现有测序接头和测序原理的限制，NGS 只能先获取全部样本的测序数据，再根据标签序列进行数据拆分，最后完成序列比对分析，该固有流程是导致二代测序实验 TAT 较长的主要因素之一。本研究创新性地改良了测序接头的结构，接头中插入了一段样本特异的内部标签序列（Internal Index），实现了对内部标签序列进行优先测序和测序数据的提前拆分分析。为了避免这种接头设计导致的核苷酸多样性缺失、测序质量不佳、产出数据不足的问题，研究者们组合搭配了三种不同长度（6、7 和 8bp）的内部标签（图 1）。这样的设计能在保证测序质量的前提下，提前拆分分析样本测序数据，实现快速实时的 mNGS 分析。

自动化+实时生信分析，最快 9.1 小时完成 mNGS 全流程

图 2 改良的接头设计，结合自动化建库设备和生信实时分析流程，最终实现快速 mNGS

完成测序接头的改良后，研究者开发了一套快速 mNGS 检测方案，包括自动化文库制备、Illumina NextSeq 测序平台和实时分析系统（图 2）。实时分析监控程序全程监测测序进度，并根据测序循环数调度分析任务。后续的性能验证证实了改良的测序接头实现了快速检测，在 NextSeq 测序平台的全流程 TAT 降低到了 9.1~10.1 小时 (图 3，测序耗时约 6.1 小时，湿实验耗时 3~4 小时)。而使用常规接头，仅测序单一步骤耗时就达到约 11.7 小时，全流程周转时间至少在 15 小时以上。

图 3 测序分析耗时对比（改良的接头 vs 经典 TruSeq 接头）

准确性评估

图 4 利用真实临床样本完成新方法的性能评估

为了进一步缩减测序时间、并评估整套实验流程的准确性，研究者使用改良后的测序接头对 153 个下呼吸道标本进行了快速实时 mNGS 检测分析。研究者们综合了标本的临床培养、16S/ITS 测序、PCR-sanger 测序和病毒的 qPCR 验证结果，形成一套复合标准，用于评价快速 mNGS 报告和常规 mNGS 报告的准确性（图 4）。

图 5 快速 mNGS 和常规 mNGS 结果的准确性评估

如图 5 所示，基于复合参考标准，快速 mNGS 的细菌检测能力达到了阳性符合率 85.1%，阴性符合率 100%；真菌检测能力达到了阳性符合率 80.3%，阴性符合率 97.4%；病毒检测能力达到了阳性符合率 96.8%，阴性符合率 98.0%。

总结

本研究基于1331银河在线游戏首页 mNGS 自动化解决方案，创新开发了改良的测序接头和实时快速分析系统，以 9.1 小时首次刷新了 Illumina NextSeq 测序平台下的 mNGS 检测速度，性能验证结果证实这项 “既快又准” 的 mNGS 检测技术有望为疑难、危重、特殊感染患者的救治提供更及时、更精准、更全面的诊疗线索，开创临床感染精准诊疗的新局面。

​【重要研究成果】Q-mNGS 诊断新生儿感染与疗效监控

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近日，湖南省儿童医院联合1331银河在线游戏首页共同开展了关于新生儿感染研究，并应用 Q-mNGS 针对传统病原学阴性的新生儿感染患者进行病原检测和监控治疗，研究成果发表在《Frontiers in Microbiology》（IF 5.64）。湖南省儿童医院新生儿科张榕副教授为本文第一作者，1331银河在线游戏首页刘超博士和湖南省儿童医院彭小明主任为通讯作者。

01 研究背景

感染性疾病是导致新生儿死亡的重要原因。2019 年全球报告每 100 名活产婴儿中有 17 人死亡，每天有 6,700 名新生儿死亡，约 48% 的 7 天以上新生儿死亡可归因于微生物感染。本研究汇报了 10 例传统方法未能阐明病因的严重感染新生儿患者，对这些患者进行定量宏基因组测序（Q-mNGS，实现人源和病原的相对定量），成功发现病原体并根据 Q-mNGS 结果辅助监控疗效。

02 主要研究结果

10 名参与者的年龄从 2 天到 52 天不等，其中 4 名参与者 (40%) 是女性。疾病类型包括肺炎、败血症和脑膜炎，入组患者的临床特征列于表 1。研究对 10 名患儿同时进行传统微生物检测（培养、抗原检测和 PCR）和 Q-mNGS 检测，结果显示，传统病原学检测均为阴性，而 Q-mNGS 则检测到结核分枝杆菌、嗜肺军团菌、蜡样芽孢杆菌等病原体。后续临床根据 Q-mNGS 检测结果进行抗生素调整及疗效监控，有 8 名患儿在治疗后恢复健康，10 名患者 Q-mNGS 检测结果见表 2。

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表 1 入组患者的临床特征

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表 2 10 名患者的 mNGS 检测结果

本研究中，当所有常规方法都未能发现新生儿感染的 “罪魁祸首” 时，Q-mNGS 提供了准确的病原学诊断依据，并指导针对性使用抗生素治疗。因此有望降低新生儿感染的疾病管理总体成本和患者负担。

案例一：结核分枝杆菌

19 日龄男性患儿 1 出现发烧和呼吸急促及呼吸衰竭。外周血、痰、脑脊液的结核分枝杆菌培养为阴性，炎症指标 CRP 为 153.04 mg/dL，降钙素原 (PCT) 为 16.44 ng/ml，入院 2 天后外周血 Q-mNGS 检出结核分枝杆菌（序列数 59 条，相对丰度 83.1％，病原指数（Q 指数）10723.30，排位 86.03%），TAT 仅为 13 小时。随后血液 T.SPOT 试验和痰标本 Xpert MTB/RIF 试验阳性，患儿及母亲也呈现出结核感染影像学特征，基于此临床诊断该患儿为先天性结核病，并进行针对性治疗后患儿恢复正常。 

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图 1 患儿的胸部 CT 结果

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图 2 结核分支杆菌感染的诊疗过程

案例二 ：嗜肺军团菌

4 日龄的女性患儿 2 出现发烧和咳嗽，并迅速恶化。炎症指标 CRP 高于 320 mg/dL，PCT 为 1.07ng/mL，乳酸水平为 4.3mmol/L。痰、血液、脑脊液和 BALF 微生物培养均为阴性，入院 12 天后肺泡灌洗液和外周血进行 Q-mNGS 检出嗜肺军团菌（BALF 序列数为 24055 条，相对丰度 96.18%，Q 指数 22014.71，排位 91.05% 和外周血序列数 361 条，相对丰度 96.52%，Q 指数 13653.88，排位 71.54%）。肺泡灌洗液进行 16s 核糖体 RNA (rRNA) 测序及血嗜肺军团菌 IgM 抗体检测结果阳性。基于此临床诊断该患儿为军团菌肺炎，针对性采用红霉素治疗，并送检外周血标本进行 Q-mNGS 连续检测，监控嗜肺军团菌的载量，治疗 33 天后未检出嗜肺军团菌，停止用药并进行随访，患儿生长和神经发育均正常。

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图 3 Q-mNGS 和 16s 核糖体 RNA(rRNA) 测序检出嗜肺军团菌

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图 4 嗜肺军团菌感染的诊疗过程

案例三：蜡样芽孢杆菌

15 日龄女性患儿 10，出现呼吸急促 15 天、发热 3 天、抽搐 2 天。炎症指标 CRP 为 168.1mg/dL，PCT 为 18.12ng/mL。脑脊液检查显示白细胞 9.65×109/L，葡萄糖 1.02mmol/L，蛋白质 2.64g/L。痰、血液、脑脊液微生物培养均为阴性，脑脊液生化提示细菌性脑炎，送检脑脊液进行 Q-mNGS 检测，检出蜡样芽孢杆菌序列数 61 条，相对丰度 6.21%，Q 指数 9559.24，排位 94.4%。结合患儿的脑部影像学特征及 16rRNA 测序结果，临床拟诊蜡样芽孢杆菌感染。送检脑脊液标本进行 Q-mNGS 连续检测，监控蜡样芽孢杆菌的载量，调整抗生素方案。3 个月随访患儿感染指标恢复正常，仍存在弥漫性脑软化症。

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图 5 蜡样芽孢杆菌感染的诊疗过程